En las distribuciones Debian como Ubuntu o Mint, las aplicaciones crean archivos de extensión .desktop que se agregan al menú de programas o que pueden ser ejecutados por lanzadores de aplicaciones.
Las aplicaciones Java no crean este archivo por que generalmente el programa solo tiene un archivo jar que es el que ejecuta la aplicación.
Este sería una plantilla para nuestro archivo .desktop para programas Java.
[bash]
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Nombre del programa
Comment=Comentario del programa
Exec=java -jar /ruta/al/archivo/jar/programa.jar
Icon=/ruta/al/icono/del/programa.png
Categories=Application;Development
Version=1.0
Type=Application
Terminal=0
[/bash]
Este archivo lo guardamos con extensión .desktop en la siguiente ruta
[bash]
/home/user/.local/share/applications/
[/bash]
Y aparecerá en el menú de los programas en la categoría que hayamos indicado en el archivo.
Espero les sea de utilidad.